玉溪市儿童医院于2019年1月1日正式独立运营，是云南省第二家公立三级儿童专科医院，是玉溪市卫生健康委员会下属公益二类医疗机构，为事业单位，公立医院性质。在保持公立医院性质不变的前提下引进社会资本，实施PPP（BOT）项目合作模式。
医院目前开设桂山和李棋两个院区，总占地面积70.51亩，业务用房面积59000平方米；编制床位750张。目前医院年门、急诊总量达24万人次，年住院量近1.1万余人次。截止2021年6月，医院有职工381人。其中：硕士研究生10人、正高级职称10人，副高级职称29人，中级职称121人，共有学科技术带头人5人，医疗卫生专业技术人占全员总数的80.31%以上。医院正不断加大人才引进力度，扩充专业技术人才队伍。
医院现设有院属科室33个，其中行政职能部门12个（党委办公室、医院办公室、设备科、信息科、社工部、人事部、财务部、门诊部、护理部、质控部、医务部、感控办），临床科室16个（呼吸科、肾血液科、神经内分泌科、消化感染科、重症医学科、新生儿科、儿保科、康复科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、外科、皮肤科、急诊科、中医科、营养科），医技科室4个（检验科（包括输血科、病理科）、放射科、超声科、药剂科），特殊科室2个（消毒供应中心、手术麻醉科）。
