南京长江医院是国家二级综合医院，是一所专业特色显著，学科门类齐全，集医疗，科研，保健，康复于一体的现代化综合性医院。随着我国医疗的快速发展，医疗市场的对外开放，人们生活水平的改善，以及对医疗服务要求的提高，南京长江医院开始在政策和卫生局的大力支持下，逐渐形成了自身特色的医疗服务;被评为“城镇职工医保定点医疗机构”、“城镇职工生育保险(计划生育)定点医疗机构”、“城镇居民医保定点医疗机构”、“南京市工伤保险定点医疗机构”、“规范药房”等，目前我院已经开设生殖健康与不孕症专业、妇科、泌尿科、消化科、内科、普外科、骨科、五官科、等19个临床科室28个专业学科。
就医诸事，诊断为先”，南京长江医院遵循卫生组织(WHO)不孕不育标准，引进行业新型的诊疗设备，凭借设备优势，进行自动监控、自动检测、自动分析，解决了传统检查诊断的不足，既能在短时间内诊断出病因、病理，又能为临床诊断和对症治疗提供准确的科学依据。
不孕不育作为医院的重点学科，并一直坚持“自然受孕”的理念，注重中西医结合治疗不孕不育症，致力于为患者解决不孕不育难题。该科室技术力量雄厚，梯队合理，引进STROZ德国宫腹腔镜、BOWA双极电切镜等设备，能够在宫腹腔镜下开展子宫全切、输卵管吻合、输卵管疏通、宫腔粘连分解、多囊卵巢打孔、子宫纵隔切除以及单孔腹腔镜等各种微创手术。
妇科是医院重点发展科室，妇科诊疗中心拥有德国STORZ腹腔镜、全超声超导可视手术仪、医院已成功开展近多例妇科宫腹腔镜微创手术疑难病例。微创手术不开刀、康复快、无疤痕等特性优势让女性减少了传统手术的痛苦。微创手术适用于治疗卵巢囊肿、输卵管堵塞、宫颈息肉囊肿、女性尿失禁等疾病。
消化内科作为医院特色重点专科，拥有一批由医生组成的胃肠诊疗团队，引进日本奥林巴斯高清电子胃肠镜、C-13呼气试验检测仪等国内外一流诊疗设备。引进新的胃肠病分型诊疗理念，针对不同病因引起的胃肠病进行分型诊疗，标本兼治，专业诊疗慢性胃炎、胃窦炎、胃息肉、胃溃疡、胃结石、胃下垂、胃出血、十二指肠溃疡、结肠炎、直肠炎、肠道息肉、痔疮等各种胃肠、肛肠类疾病。
内科以治疗心脑血管病、高血压病、糖尿病、胃肠疾病、内分泌等疾病为重点的综合科室。下设心脑血管病、高血压病专科，糖尿病专科以及消化科等多个专科门诊。拥有心电监护仪、德国西门子化学发光仪、进口全自动生化分析仪、心电彩超、光能生物治疗仪等医疗设备。
骨科是医院的重点特色科室之一，针对每一位患者量身定制不同的治疗方法，配合中医中药，辨证施治。包括小针刀三位一体疗法、臭氧消融术、神经阻滞治疗，中药熏蒸、中药热敷、穴位贴敷、推拿按摩、针灸、经络推拿复位治疗、颈腰椎牵引治疗等各种联合治疗方式，专业治疗颈椎病、腰椎间盘突出症、强直性脊柱炎、股骨头缺血坏死、风湿及类风湿性关节炎、肩周炎、坐骨神经痛等各种急慢性疼痛性疾病。
南京长江医院紧跟国内外临床医学发展趋势，大力发展微创外科技术。医院微创外科诊断治疗中心现已发展成为技术精湛，设备精良的优势学科，并向多学科合作发展，其中在腹腔镜下进行阑尾切除术，胆囊息肉、胆囊切除术、疝气修补术，以及腹腔镜下治疗手汗症、介入治疗下肢静脉曲张等手术已获得良好口碑。目前，科室除有全套腹腔镜器械设备外，还配备有宫腔镜、胸腔镜、关节镜、精囊镜等设备及器械。
