南京市第二医院(南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，东南大学附属第二医院)，同时挂牌南京市肿瘤医院。由宋美龄基金会创建于1933年，是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。医院先后荣获卫生部“全国卫生系统抗击非典先进集体”、中组部“全国防治非典型肺炎工作先进基层党组织”、国家卫生计生委“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表现突出单位”、“国家埃博拉出血热疫情防控先进集体”、“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“全国先进基层党组织”等荣誉称号。
一院两区，协同发展。医院现分为钟阜院区和汤山院区两个院区，现有床位1955张。一院两区，统一管理，医疗、教学、科研全面发展。有在职职工1538人，其中卫技人员1382人，高级职称人员264人，博士37人，硕士研究生369人。有江苏省医学领军人才3人，省医学重点人才2人，省“333”工程人才12人，江苏省有突出贡献中青年专家和拔尖人才9人，江苏省“六大人才高峰8人；南京市有突出贡献中青年专家和拔尖人才8人。有南京中医药大学、东南大学、南京大学等高等院校博导、硕导共78人。
医院是全国肝胆病防治技术示范基地、全国妊娠乙肝防治示范基地，全国脂肪肝规范诊疗中心，难治性癌痛规范化诊疗示范基地、江苏省博士后创新实践基地。国家药物临床试验机构。医院同时是江苏省传染科医疗质量控制中心、省中西医结合肝病研究中心、省病毒性肝炎诊疗中心、省重症疟疾诊疗中心、省重危孕产妇救治指导中心、南京市消化病临床医学中心、南京感染病学临床医学中心、南京地区市级胸痛救治中心建设单位。
医院现有感染性疾病科1个国家临床重点专科，感染性疾病学、传染科、肿瘤科、妇产科、普通外科、肝病科、结核科7个江苏省重点学科、专科，中西医结合科1个江苏省示范中医科，肠道及其他传染病科、检验科、医学影像科、重症医学科4个南京市重点专科，中心实验室1个南京市医学重点实验室，国家中医药管理局重点研究室1个。传染病学位列2019年度中国医院科技量值（STEM）排名第25位，名列江苏省第一。
钟阜院区座落于市中心，地处鼓楼区钟阜路1-1号，拥有两座现代化的20层门诊病房大楼和医技病房大楼、急诊楼、120急救分站、地下停车场等，建筑面积8万平方米。钟阜院区综合学科齐全，开设外科、妇产科、肿瘤科、呼吸科、胸外科、骨科、神经外科、心血管内科、中医科、重症医学科等40多个临床、医技科室，门诊设有相应的专科及专家特色门诊。全力提升综合学科水平以支撑、反哺传染病的发展，常规开展肝硬化、肝癌、肺结核、咯血、骨关节结核、肺癌的外科和介入手术，为城北地区百姓提供全面、优质的综合医疗服务，医疗服务辐射至安徽、山东等邻近省份。
汤山院区（南京市公共卫生医疗中心）位于江宁区汤山街道康复路1号，增挂江苏省传染病医院院牌，是江苏省传染病紧急医学救援基地，南京市艾滋病、结核病定点收治医疗单位，是以消化道与呼吸道、接触性与非接触性等病种专科特色精细诊疗为主、综合诊疗为辅，集防治、救援、应急为一体的，南京市重大公共卫生事件应急救治中心。设有感染病科、结核科、肝病科、综合内外科、重症医学科、一期临床研究中心等10多个临床、医技科室，竭力为南京地区的传染病患者服务，并为城东地区百姓提供优质、温馨、舒适、便捷的诊疗服务，医疗服务辐射至全省及周边省市。
多年来，医院坚持科技兴院，重视科研发展，立足临床需求，鼓励开展各类科研活动。近五年共承担科研课题129项，获批国家自然科学基金5项，省、市科技进步奖、新技术引进奖29项，其中省科学技术奖1项；江苏省新技术引进一等奖4项、二等奖10项；南京市科学技术奖2项。发表核心及统计源期刊以上论文526篇，SCI论文246篇，影响因子8分以上16篇，最高影响因子59.558；编写或参编专著54部，获专利证书103项。
“精诚奉献，惠泽民生”。多年来，南京市第二医院始终坚持公益惠民的宗旨，持续提升社会效益。积极推进医联体建设，牵头全省12家传染病医院成立江苏肝健康联盟、传染病专科联盟，筹建全市感染性疾病、肿瘤专科联盟，发挥领头羊作用，引领全省传染病医院及相关学科的建设与发展。与六合区、江宁区、栖霞区、鼓楼区多家社区卫生服务中心建立紧密型医联体，下沉优势综合医疗资源，辐射周边地区，造福更多百姓。以担当社会责任为己任，积极承担SARS、人感染H5N1禽流感、甲型H1N1流感、人感染H7N9禽流感、埃博拉出血热等历次突发公共卫生应急事件的医疗救治任务，圆满完成2013年四川雅安地震抗震救灾、2014青奥会医疗保障等各项应急保障任务，积极参与塞拉利昂、桑给巴尔等非洲地区的国际医学援助活动，对口帮扶安徽、新疆、青海、西藏等地。
新冠肺炎疫情发生后，南京市第二医院作为省、市定点收治医院，在省市政府及省、市卫健委的有力领导下，迅速反应，抽调感染病科、呼吸科、重症医学科、放射、检验、药剂等多学科人员组建救治梯队，集中一切资源力量，全力开展医疗救治，创新实施“分片包干、重点监测、一患一策、每日会诊、同步中医与心理治疗”的救治策略，阶段性实现了病人“零死亡”医务人员“零感染”的目标，相关做法受到国务院联防联控机制专家组肯定，被省卫健委在全省范围推广。同时，为有效提高疫情救治水平，根据省、市领导指示精神，完成了汤山院区应急板房一期工程建设项目，永久性扩建工程一期项目已于9月25日启动建设。
风劲帆扬，砥砺前行，如今的南京市第二医院，翻开崭新的一页。医院将通过建设江苏肝健康联盟，进一步创新互联网+医院模式，建立分级诊疗和双向转诊机制，不断增强医疗服务核心竞争力和综合实力。通过南京中医药大学、徐州医科大学、东南大学等平台，力争成为专科特色显著、中西医并重、综合能力强的三级甲等医院，并在争创国家级区域医疗中心的道路上，拼搏奋进、开拓创新，不断增进人民群众健康福祉，向着以人民为中心，以健康促小康的目标，不断迈进。
