南京市第二医院传染病学科创建于1933年，经过几代人的努力，现已发展为全省规模最大的传染病研究、教学、医疗基地，具有较好的科研条件和基础。先后享受国务院政府特殊津贴专家7人，省333工程人才5人，现有省突出贡献中青年专家1人，市有突出贡献中青年专家2人，市中青年拔尖人才1人，市行业技术学科带头人5人，传染病硕士研究生指导老师13人，博士5人。开放床位380张。2003年被评为江苏省省级临床重点专科（传染科）和江苏省医学重点学科（感染病学）合作单位，2007年被评为江苏省医学重点学科。 
专科技术力量雄厚，诊疗水平先进，管理科学严谨，收治病种已涵盖现行诊断标准中所列病种2/3以上，临床治愈好转率≧90%，尤其在肝病、艾滋病、经典感染性疾病、SARS、禽流感等新发传染病的预防、诊断、治疗、研究及管理方面具有突出优势和显著特点。近五年科研项目有51项，总经费达300余万元，其中省级科研项目9项，国际合作科研项目1项。本学科前五年发表的被SCI、EI、ISTP收录及中华级论文34篇，其中SCI收录10篇，专著5本，专利 1项。获奖成果有35项，其中中华医学三等奖1项，江苏省科技进步、三等奖2项，卫生厅新技术引进一等奖4项、二等奖12项，在省、市传染病学科中名列前茅。 
       学科特色技术和优势： 
传染病科在各型急慢性肝炎、肝炎肝硬化、肝衰竭及肝癌的中西医规范化治疗、小儿肝病的病原学与流行病学及内科综合治疗、自身免疫性肝病的诊治，以及流行性乙型脑炎、流行性脑膜炎、重症百日咳的综合治疗、艾滋病的抗病毒、抗机会性感染及中医治疗及机理的研究国内领先；在妊娠合并肝炎及乙型肝炎病毒母婴传播阻断治疗方案的研究受到国际专家好评。 
（1）人工肝抢救治疗重型肝炎技术全国领先：治疗方式最全；治疗病人最多；在国内率先开展序贯组合非生物人工肝支持治疗，明显提高疗效。获省部级奖多项。 
（2）乙型肝炎病毒YMDD和CP及前C基因变异，以及乙型肝炎病毒基因分型、丙型肝炎病毒基因分型检测和科研方面均处于国内先进、省内领先的水平，为协助乙型肝炎和丙型肝炎基因诊断和指导用药发挥着重要作用。 
（3）为省内唯一的肝病产科，对妊娠合并肝病及乙型肝炎进行深入研究。建立了HBV感染孕妇及婴儿的长期随诊系统，形成了规范的乙肝孕妇及婴儿的监测、预防、诊治体系，填补省内空白，有效控制了孕期肝炎、肝衰竭的发生及婴儿HBV感染，对降低孕产妇和围产儿的死亡率及慢性乙型肝炎和相关疾病的发病率起到重要作用。学科年门诊量近2.8万人，年平均住院2860人次。近10年来完成乙肝孕妇母婴阻断1万多例，成功率达97%。抢救危重孕产妇660例，分娩婴儿9000例。 
（4）艾滋病诊治水平省内领先：近五年病房已收治HIV/AIDS患者千余例，门诊有近600例患者行高效抗反转录病毒治疗。医护人员HIV意外暴露后预防无一例感染。无论是机会性感染、机会性肿瘤的防治还是抗病毒治疗及毒副反应处理以及相关科研均处于省内领先。目前已完成相关科研项目8项，在研7项。