药学部下设门急诊药房、中心药房、中西药库、静脉配制中心（制剂室）、临床药学室5个职能科室。药品供应和药房管理与各个病区电脑联网，药品配送实现信息化；严格执行新药审批程序和日常药品计划采购程序，所有药品全部实行阳光招标采购，不断加强药师继续再教育、培训和素质的提高，保障患者的用药安全。 医院和药剂科领导特别重视临床药学工作，现有临床药师 5人，具备疑难病例用药分析和治疗建议、药品不良反应的鉴别诊断和处理，抗菌药物的优化选择等方面的能力，并开展药物咨询，为出院患者和门诊患者提供持续的、专业化的药学服务，并积极开展临床药学相关科研工作。 药学部调剂部门承担了日均1000多人次门诊量的门诊处方，800多张床位住院患者药品调剂任务。临床药师每月完成处方点评约3000张，医嘱点评30份，查房制定药历50余份，参与疑难病例讨论记录60余份。药品不良反应上报的数量报持在南京地区排名前十位，并且每月完成卫生部抗菌药物监测网的手术和非手术病历，门诊处方的上报工作，按期做好抗菌药物的使用强度的统计、计算和汇报工作。

       近年来承担南京市科委课题一项，近年来以第一作者发表的中文核心期刊论文共20余篇。药学部作为东南大学教学基地，承担着培养药学专业硕士研究生、本科生、大中专生的教学实习任务和进修生的培训任务，同时进行临床药学、新制剂开发、药学情报等领域的研究工作。科研教学方面以临床药学研究课题为龙头，以东南大学医学部教学基地为依托，带动科研教学工作的发展。