温州医科大学附属第二医院目前有以下科室：内科、外科、肿瘤科、妇产科、儿科、五官科、男科、皮肤性病科、精神心理科、中医科、康复医学科、整形美容科、介入医学科、麻醉医学科、医学影像科。
内科包括
儿童心血管科、癫痫专科、发热门诊、风湿关节科、感染/肝病内科、呼吸内科、呼吸心身门诊、内分泌科 、帕金森专科、普通内科、神经内科、肾(泌尿)内科、肾内科、糖尿病中心、脱敏门诊、、消化内科、哮喘专科、心血管科。
外科包括
房颤术后门诊、腹膜透析门诊、胃肠动力、创伤骨科、骨伤专科、骨质疏松、关节专科、脊柱外科、肩肘手专科、颈肩痛、颈椎病、普通骨科、手外整形、疼痛门诊、微创椎间盘、下肢髋关节专科、腰腿痛、整形科、肝胆胰外科、肛肠科-南浦、狐臭外科、泌尿外科、脑(神经)外科、普通外科、乳腺外科、微创外科、胃肠外科 、心胸外科、血管外科。
由于温州医科大学附属第二医院日均门诊量较大，去温州医科大学附属第二医院就诊之前建议提前预约挂号。
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