郑州大学第一附属医院科室采用的是科部制，即将医院分为10个（学）部，部下再分成不同科室，具体见下表。
郑大第一附属医院的妇科门诊、产科门诊，儿科重症神经门诊、肾病内科、呼吸内科、神经内科、心血管内科、内分泌科、肿瘤科等均为国家重点科室（以上各科室均可通过就医160郑州站http://zz.91160.com进行预约挂号）。
其中，耳鼻喉科的喉全切发音重建术和耳聋的病理生理研究在国内居领先地位。国内首例同基因外周血干细胞移植治疗慢性粒细胞白血病和脐血干细胞移植治疗白血病在郑大一医院成功、国内首例体外循环下自体肺移植术的成功、国内首例同卵双生活体供肝肝移植、应用单细胞核苷酸多动态性基因芯片（SNP芯片）技术进行胚胎植入前遗传学诊断试管婴儿在郑大一医院成功分娩。
