胸腔镜下先天性心脏病修补、瓣膜成形及置换、腔镜下下心脏不停跳冠脉搭桥、全胸腔镜下房颤手术等。
中国医师协会心血管外科医师分会胸腔镜学术委员会主任委员，世界首例胸壁打孔完全胸腔镜下房间隔缺损修补术完成者，世界首例胸壁打孔完全胸腔镜下室间隔缺损修补术完成者，世界首例胸壁打孔完全胸腔镜下二尖瓣置换术完成者，曾先后4次在学术会议上演示胸壁打孔完全胸腔镜下心脏手术，并曾应邀至10余家医院演示胸壁打孔完全胸腔镜下心脏手术。为了奖励程云阁在心脏病微创外科治疗上的积极贡献，中国医师协会于2010年授予其心血管外科行业最高奖——“金刀奖”，其所著“先心病的微创外科治疗”也获中国人民解放军医疗成果二等奖。截至目前，程云阁已完成胸壁打孔完全胸腔镜下心脏手术1800余例。
