感染性疾病（包括所有的法定传染病）的诊治，包括中枢神经系统感染、肺部感染等。科室除收治法定传染病之外，主要收治脑膜炎、神经梅毒等病患。
上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心感染二科是上海市公共卫生临床中心重点建设科室。肩负着收治传染性疾病（疟疾、登革热、伤寒、感染性腹泻、肾综合症出血热、麻疹等）的任务。同时也承担着一些新发传染性疾病的诊治工作。还在中枢神经系统感染、感染性发热等各类感染性疾病的临床和科研中取得突出成就。尤其是在中枢神经系统感染疾病诊治方面，积累了丰富的临床经验, 形成了一套科学严谨的诊断思路和个体化治疗方案。
