擅长感染性疾病诊治，医疗相关感染诊治、调查、控制，感染暴发事件析因与控制。
马小军,长期从事感染性疾病诊治，包括不明原因发热、病毒性肝炎等病毒性感染、中枢神经系统感染、外科感染、肿瘤及艾滋病等免疫缺陷患者感染、重症感染等。擅长医疗相关感染诊断、调查与控制、感染暴发事件析因与控制。
社会兼职：中华人民共和国卫生部医院感染控制标准专业委员会委员、中国医院协会医院感染专业委员会常委、中华预防医学会医院感染控制分会第三届委员会职业安全与生物安全学组副组长、“卫生部抗生素临床合理应用全国普及计划”核心专家、“卫生部合理用药萌芽计划”核心专家、中国医院协会肺炎专家组成员、北京市医院感染管理质量控制和改进中心专家。
