造成输尿管镜碎石术无法一次成功击碎结石的原因有很多，其中结石逃逸进入肾脏和输尿管狭窄导致进镜失败是两个主要原因。
（1）、结石逃逸：
输尿管镜碎石过程中必须持续灌注生理盐水以保持输尿管扩张和视野清晰，整个结石或部分碎石就会在水流的带动下向上漂移。如果结石上漂进入肾脏，由于肾脏和输尿管的夹角，输尿管硬镜往往无法观察并触及结石，导致输尿管镜碎石失败，此时就需要改行经皮肾镜取石术或二期行输尿管软镜碎石术。输尿管上段结石距离肾脏较近，更容易被水流带入肾脏，这也是输尿管上段结石碎石术成功率较低的原因之一。
临床实际工作中，完整结石逃逸较少，结石碎片逃逸反而较多，这是因为较大的完整结石，一方面结石重力大不容易被水流冲动，另一方面较大的结石卡在输尿管内不容易移动。当大的结石被激光击碎后变小或变成几块后，重量小，不容易卡在输尿管上，反而活动度变大，容易被水流带入肾脏。
（2）、输尿管狭窄：
输尿管是一根长25～35mm、上粗下细，有多个狭窄扭曲的管道，其中输尿管穿过膀胱壁处最为狭窄，管径只有2～3mm，这也是结石最容易停留卡住的部位。而且输尿管的粗细程度个体差异很大，有的人输尿管全程先天偏细，这些也是结石好发人群。输尿管镜是一条直径为2～3mm的前细后粗的细长镜体，包括光源摄像头（一部微型摄像机）、进水通道（注入生理盐水使输尿管扩张视野清楚）和操作通道（置入钬激光光纤、拦截网、封堵器）等复杂微小设备。
即便现在的科学技术越来越发达和生产工艺越来越先进，输尿管镜镜体也无法做到无限细。目前，世界上最细的输尿管镜直径也有近2mm。如果患者输尿管极细，输尿管无法通过狭窄处到达结石所在部位，自然无法完成碎石。
在这种情况下，医师通常会选择先留置一根DJ管以扩张狭窄的输尿管，数周后再行碎石治疗。如果术中遇到输尿管狭窄，贸然采用暴力进镜，可能会造成输尿管穿孔、输尿管断裂及输尿管黏膜撕脱等严重后果。
（3）、其他少见原因包括：
术中发现输尿管脓尿、出血较多、输尿管穿孔等，可先放置DJ管控制感染，保护输尿管，择期再行碎石治疗。
