孩子多指畸形的原因较复杂，原因及致畸机制至今尚不明确。目前有研究表明，可能是遗传因素、环境因素的原因造成。

第一：遗传因素

近亲结婚，畸变发病的概率可高达25％～50％。

家族遗传，家族中连续几代的人均为多指。

常染色体遗传，与性别无关系，家族中不同性别的人患病机会均等。

第二：环境因素

营养因素，如缺乏某些维生素可导致机体发育不良。

内分泌因素，如糖尿病患者的后代发生畸变的可能性较正常人高。

病毒感染，特别是母亲在孕早期的病毒感染，尤其容易引起胎儿的先天畸形。

创伤因素，外伤可导致正常胚胎发育的抑制。

环境污染，如空气污染、食物污染等。

吸烟及毒品，如母亲在孕期存在吸烟或吸食毒品的。

其他如药物因素、放射线因素、酒精中毒、精神因素等。