反流常导致患者从睡眠中短暂的觉醒，但觉醒可能有双重的保护作用，它既可加快食管酸清除，又能保护气道避免吸入。觉醒反应的缺失进一步增加了反流后酸与粘膜接触的时间及胃内容物吸入的危险。然而反复的自身觉醒会使睡眠中断而导致白天的嗜睡和对睡眠质量的抱怨。但由于睡眠存在的遗忘效应，短暂的觉醒常可被遗忘，因此并非所有的夜间反流都能被患者所记忆。

GERD患者常伴有内脏高敏状态，因此，由此所产生腹痛也可能是导致睡眠障碍的一个起因，它可使患者难以入睡或从睡梦中惊醒。

此外，不典型的GERD症状并非均能被临床医生所识别，从而导致无法给予相应的对症治疗，由此使患者的病情无法缓解而最终会引起他们对自己身体状况的担忧并产生精神压力及焦虑，这也是导致患者的心理因素，需应用整体分析的方法来治疗GERD和睡眠障碍。