由于影像学诊断的增加，我们很容易识别肾脏异常，并且我们可以在这些具有挑战性的病例中选择广泛的医疗设备来治疗有症状的结石。
肾脏和泌尿道的先天性异常并不罕见，CAKUT代表了上尿路和下尿路的各种异常，包括形态、位置(即异位肾)、数量(即多生肾)异常和集合系统异常(即肾盂肾盏憩室、肾盂输尿管连接部梗阻)。
关于肾脏形态的异常，有胚胎结构缺陷，如融合异常和持续的胎儿分叶；这发生在肾脏向头侧迁移直至腰部区域的过程中(即马蹄形肾脏、扁平肾脏)。
根据结石的大小、位置、Hounsfield单位(HU)、肾盂肾盏系统解剖和引流情况的不同，肾脏异常患者的肾结石治疗可能会有所不同。
体外冲击波碎石术(ESWL)和经皮肾镜碎石术(PCNL)在这些具有挑战性的病例中通常成功率较低。
肾盏憩室、马蹄肾HSK、髓质海绵肾(MSK)、巨肾盏病、盆腔肾和肾盂输尿管连接部梗阻(UPJO)，大多数肾盏憩室患者是无症状的，在接受肾脏成像的个体中有高达0.6%的患者是偶然发现的。据报道，9.5%至50%的憩室形成结石，并可能与不同症状相关，如血尿、疼痛和复发性尿路感染(UTIs)。同样在这些异常结构肾脏，手术难度仍然相当大。
对于那些有症状的病例，减少诸如ESWL、PCNL和RIRS的治疗适应证。然而，在过去的几年里，输尿管软镜得到了发展，并使RIRS成为治疗这种疾病的一种更安全有效的方法。
一项关于异常肾结石和RIRS的国际多中心研究，包括50例男性和女性的憩室结石，结石清除率(SFR)为70%。肾盏憩室病例最有可能有残余碎片，需要辅助手术以改善SFRs，并且有较高的并发症发生率，如血尿、肾盏穿孔和结石定位困难。而，随着目前铥光纤激光（TFL）的发展，自限性血尿的发生率更高。Cakiroglu等也评价了RIRS和Ho:YAG碎石术治疗30例症状性肾盏憩室结石的疗效。并发症33.3%，主要是Clavien I级。 SFR约为70-73.3%。
尽管PCNL是一些医生治疗背侧肾盏憩室结石的首选方法，因为其易于进入，但该技术可能难以到达腹侧前盏憩室结石，增加了并发症的风险。
