目前大部分非梗阻性无精症的病因及机制并不十分明确，病人甚至可能合并多个因素，除了低促性腺减退症所致的非梗阻性无精症采用补充促性激素可以获得明确、有效的临床效果。其余绝大数非梗阻性无精症病人尚无明确的有效治疗方案。
对于低促性腺减退症主要从以下几方面选择治疗
（1）对于同时有生育和性功能要求的患者，常采用促性腺激素治疗，恢复性功能的同时，也可以促使进生精
（2）对于下丘脑病变引起的HH患者，使用GnRH泵治疗，有效率也比较高
（3）对于单纯渴望恢复第二性征及性功能，无生育血亲子代要求的患者，可采用雄激素替代疗法 睾丸下降固定术是隐睾最重要的治疗措施，一般建议早期接受手术（6-18月龄），有助于保护生精功能；迟于24月龄之后仍未手术，睾丸的生精组织受损将难以逆转。但进入生育年龄后内分泌仍然对隐睾所致的无精子症有一定意义。
很多NOA患者血清睾酮水平偏低，雌二醇水平偏高，内分泌治疗提高睾酮水平，优化精子生成的内环境,内分泌治疗可作为显微取精的术前准备，以期提高精子获得率。 通常血清睾酮高于300ng/dl（10.41nmol/L），内分泌治疗的获益不大 。
如果睾酮水平低于300ng/dl，睾酮/雌二醇<10，可以选择芳香化酶抑制剂，如 来曲唑、阿那曲唑等治疗以提高睾酮水平；如果睾酮/雌二醇>10，可先尝试他莫昔芬作为起始治疗。
多中心资料显示，在不明原因的非梗阻性无精子症（排除低促性腺减退症、染色体及Y染色体异常等）在选择内分泌、双促、生长激素、中医药等综合征治疗下有10-30%机会产生微量精子，争取到做ICSI的机会。
