扁平疣的形成原因主要与人乳头瘤病毒（HPV）感染有关。HPV有100多种类型，其中一些类型可以引起扁平疣。扁平疣的病原体主要是HPV-3型、HPV-10型、HPV-28型和HPV-41型等。当皮肤出现破损，HPV会通过破损处侵入，感染皮肤表皮细胞，并在其内复制、增殖，引起细胞的异常分化和增生，从而导致皮肤良性增生物的形成。

扁平疣的形成还与以下因素有关：

1. 个人卫生习惯：不良的个人卫生习惯，如不及时洗澡、不勤换洗衣物等，可能增加感染HPV病毒的风险。
2. 环境因素：日光暴露可能是风险因素，因为扁平疣常见于游泳者、面部、手背、前臂等日光暴露面。潮湿、闷热的环境也可能促进HPV病毒的繁殖和传播。
3. 皮肤损伤：当皮肤出现破损或擦伤时，HPV病毒更容易侵入皮肤，并在皮肤细胞内复制、增殖，进而引发扁平疣。
4. 免疫功能低下：当人体免疫系统功能低下时，如患有艾滋病、接受过器官移植等情况下，人体对人乳头瘤病毒的抵抗力减弱，更容易感染病毒并引发扁平疣。