HPV感染人体的部位是皮肤粘膜最浅表层的细胞，即表皮层，连皮肤真皮层都很少进入，所以治疗通常以局部治疗、物理治疗、免疫调节等方法为主。通过治疗，不仅可以清除大部分病毒及其引起的疣体，机体的免疫应答反应也可以进一步被激活，进而提升清除病毒能力。一般而言，治疗后3个月局部的绝大部分病毒可以去除，治疗后大约两年内90%的患者体内的免疫系统会逐步消除残存的HPV。

    HPV长期不愈的情况较为罕见，通常见于免疫功能特别低下的患者，例如由于肿瘤、移植、自身免疫系统疾病等原因长期应用免疫抑制剂、合并糖尿病、艾滋病以及红斑狼疮等自身免疫疾病患者。这些患者体内的HPV病毒和免疫系统之间，需要进行长期、反复的斗争。

    有的患者感染HPV以后，可能没有症状。这就是体内的免疫系统比较强，可能将病毒抑制在较低的水平，并且逐步将其清除，这种情况可能需要很长的一段时间。