妊娠期和哺乳期的主要矛盾是胎儿和新生儿，安全用药的选择非常有限。FDA（美国食品药物管理局）根据药物对动物或妊娠妇女不同程度的致畸风险分为A/B/C/D/X五大类。

A类指有明确的动物和临床实验显示对动物和早期妊娠妇女没有危险的药物，比如生理盐水、葡萄糖注射液、维生素等；B类在动物生殖试验中并未显示对胎儿的危险，但无孕妇的对照组，或在早孕妇女的对照组中并不能肯定其副反应（并在中、晚期妊娠亦无危险的证据），比如头孢类抗生素；C类指在动物的研究中证实对胎儿有副反应（致畸或使胚胎致死或其他），但在妇女中无对照组，仅仅只在权衡后利大于弊的情况下才能使用，比如镇静药苯巴比妥类；D类是对胎儿有肯定的危害，比如四环素、链霉素和抗肿瘤药物等有明确致畸作用；X类对动物和妊娠妇女有明确的致畸作用，比如导致海豹儿的反应停。为避免潜在风险，国内几乎所有除A类药物外都会在说明书中明确提到妊娠和哺乳妇女谨慎使用或不建议使用。

尽管有研究发现：幽门螺杆菌感染与不孕症、妊娠呕吐、先兆子痫、妊娠糖尿病呈正相关，并与早产、流产、胎儿生长受限、新生儿先天疾病有关，但因为1、根除幽门螺杆菌的药物都是BCD类药物，风险大于获益；2、幽门螺杆菌感染是一种非常缓慢的致病过程，有足够的时间等待合适的时间再去根治，因此专家共识不建议妊娠期和哺乳期妇女根除幽门螺杆菌。