目前认为肝内胆管结石的形成，主要与胆道的细菌感染，寄生虫感染以及胆汁淤滞有关系。此外胆汁当中的黏蛋白，酸性粘多糖，免疫球蛋白等大分子的物质，炎性渗出物，脱落的上皮细胞，细菌，寄生虫，胆汁中的金属离子等等，均参与了肝内胆管结石的形成。