痛风石特别喜欢出现在人体关节及其周围的组织中，也会长在低垂部位和皮肤浅薄的部位，如耳廓等。其沉积速度和部位主要受血管丰富程度和温度影响，由于膝关节和踝关节离心脏的距离比较远，温度较低，所以容易形成尿酸盐结晶，可视为痛风石的“宜居环境”。低垂部位如第一跖趾关节，主要是由于重力作用导致尿酸盐结晶沉积，肢体远端小关节是痛风石易形成的部位，如跖趾关节、踝关节、足背、指关节、掌指关节、腕关节、手背等。而皮肤浅薄的部位如耳廓，其中的血管是血液循环末梢，血流速度比较慢，为尿酸盐沉积提供了有利的环境。

痛风石侵入关节附近的骨骼，并在关节附近的滑膜、腱鞘、软骨、韧带、和关节囊中沉积，导致关节软骨退行性改变，导致血管翳形成、囊增厚和软骨下骨破坏，进而发展为关节僵硬和关节畸形，直接影响患者的关节功能。在严重的情况下，还可能发生骨破坏和病理性骨折。由于血液供应不良和长期磨损，痛风石破裂直接与关节腔和骨髓相连，会导致骨髓炎。痛风石沉积在脊柱上，它会引起剧烈疼痛，并伴有四肢麻木、畸形、椎管狭窄和脊髓压迫。

痛风性结石也可发生在人体内部器官，主要发生在肾实质。有时见于输尿管和膀胱。常见的系统是泌尿系统(如肾脏、输尿管和膀胱)。毕竟，这是尿酸的出口，尿酸容易沉积。肾脏沉积更危险。如果有肾动脉硬化、高血压、尿路结石、尿路感染等疾病，病情进展迅速，很快发展到尿毒症阶段。痛风结石甚至可以出现在大动脉、心肌、主动脉瓣、二尖瓣、三尖瓣、舌头、会厌、声带、鱼软骨、气管软骨、阴茎和包皮上。痛风石沉积在心脏，它会导致心肌损伤、冠状动脉功能不全、心律失常和心功能不全。痛风石沉积在眼部，它会导致慢性炎症、青光眼、失明等。

然而，上臂和大腿的躯干位置，如胸部、腹部、背部、腰部、臀部、肩部和四肢相对较少。肝脏、胆囊、胆道和胰腺等处罕见。据报道在唾液中发现尿酸盐晶体。脑、脾、肺未见痛风石。事实上，除了中枢神经系统受到血脑屏障的保护，环境中尿酸的浓度远低于其他部位外，痛风石几乎可以出现在人体的所有组织中。