肾上腺囊肿临床症状多不典型，常常也没有特异性体征。患者多以腹痛或者腰痛等症状就诊，也有患者在健康查体时偶然发现，只有极少患者可出现内分泌异常的表现。有学者研究了286例患者的症状和体征，发现无症状最常见(34%)，其次为腹痛(19%)，体征以腰腹部包块最常见(10%)。只有极少数患者出现内分泌异常，伴高血压(9%)，伴肾上腺激素分泌紊乱(3%)。

压迫症状当肾上腺囊肿较大时，常常压迫周围的器官引起一系列的临床症状。肾上腺囊肿患者的临床表现主要取决于囊肿的大小，患者常常出现腰痛、上腹部胀痛或食欲减退、腹胀、恶心等消化道症状。

腹部包块少数巨大囊肿的患者于腹部可触及囊性包块。

囊肿破裂出血囊肿破裂出血可出现急腹症表现，腹痛剧烈、向患侧腰部放射，伴有恶心呕吐；严重者可出现面色苍白、脉搏细速、血压下降等失血性休克表现。

高血压：高血压病例少见。此类高血压大多数表现为血压阵发性升高，这可能与肾上腺嗜铬细胞瘤中心出血、液化、囊性变后被诊断为肾上腺囊肿有关。部分病例通过手术切除囊性肿物或通过抽取囊液，患者血压可以降至正常。肾上腺囊肿极少有内分泌异常的表现。

激素异常肾上腺囊肿无特异性的实验室检查表现，部分嗜铬细胞瘤囊性变的患者检查血儿茶酚胺测定和24小时尿中香草苦杏仁酸(VMA)定量升高。至今还没有其他内分泌检查如血尿皮质醇、肾素、血管紧张素、酵固酮、尿-17 羟皮质类固醇、17-酮类固醇阳性的报道。