两种疾病是不同的，首先胃肠道间质瘤是胃肠道间质细胞的肿瘤，结直肠癌是肠道粘膜上皮细胞癌变导致，间质瘤的恶性程度要低于肠癌。

虽然两者早期都没有明显症状，但随疾病发展，两者都会出现一些类似症状，如腹痛、乏力、腹部包块、贫血、体重下降等，不过结直肠癌会出现大便习惯改变、腹泻便秘交替、里急后重等症状，胃肠间质瘤则已恶心呕吐、吐血、黑便等多见。

至于诊断方面，结直肠癌通过内镜检查、病理可确诊，胃肠间质瘤需通过内镜检查、病理、基因检测等确诊。

两者一经发现需尽早处理，胃肠间质瘤如果体积较小，可定期观察，结直肠癌需立即手术切除，术后根据病理给予适当辅助治疗，如结直肠癌以放化疗、靶向治疗、免疫治疗等为主，而胃肠间质瘤对放化疗不太敏感，主要以靶向治疗为主。

从预后来说，结直肠癌发现越早、分期越早，预后越好，至于胃肠间质瘤，如果首次确诊能完整切除，预后相对较好，当然存在一定的复发几率。