免疫系统由免疫器官（胸腺、脾脏、淋巴结、扁桃体等）、免疫细胞（白细胞、浆细胞、肥大细胞等）以及免疫活性物质（抗体、补体、细胞因子等）组成，是机体保护自身的防御性结构，具有免疫监视、防御、调控的作用，能够发现并清除异物、外来病原微生物等引起内环境波动的因素。免疫系统功能低下可导致反复感染，甚至肿瘤发生；若功能亢进则会对自身器官或组织产生伤害，引发自身免疫性疾病，如类风湿关节炎等。
研究显示，睡眠质量与免疫功能之间存在很强的相关性。在正常生理状态下，睡眠可增强免疫反应，大多数免疫细胞在夜间免疫反应达到高峰；而长期的睡眠限制和紊乱则会增加与免疫相关的炎症介导性疾病发生的风险。
在睡眠剥夺的情况下，外周循环中炎症标志物水平升高，免疫系统的反应能力减弱，因而免疫损害风险增加。一些与免疫失调相关的疾病，如艾滋病、多发性硬化等也会增加失眠症的发生风险。以下为常见的与失眠有关的免疫系统疾病。
风湿性疾病是最为常见的免疫系统疾病，主要侵犯骨骼、关节、肌肉及其周围软组织，如滑囊、肌腱、筋膜、血管、神经等部位。常见的疾病有系统性红斑狼疮、纤维肌痛、原发性干燥综合征、类风湿关节炎、强直性脊柱炎、血管炎等。研究显示，系统性红斑狼疮患者入睡时间延长、觉醒增多、睡眠效率下降、浅睡眠比例增多、深睡眠比例下降，可能与疼痛、抑郁、疾病活动度有关。纤维肌痛患者可伴有失眠，但与原发性失眠患者相比，多导睡眠监测（polysomnography，PSG）显示其觉醒频率增加、睡眠-清醒周期缩短、慢波睡眠增加、入睡时间延长，同时因具有相对完整的睡眠稳态驱动力，故可在醒后迅速恢复睡眠。原发性干燥综合征患者的睡眠障碍发生率较高，表现为日间嗜睡、主观睡眠紊乱和夜间频繁觉醒等症状以及睡眠呼吸暂停，失眠认知行为治疗以及夜间加湿器的使用有利于疾病的综合治疗。在更为常见的类风湿性关节炎患者中，睡眠紊乱和疲劳的比例超过半数，严重影响了生活质量、情绪和心理健康。风湿性疾病患者常合并失眠等多种睡眠紊乱，可能由于疼痛、抑郁、缺乏锻炼或使用类固醇等药物导致。因此，应该在临床实践中仔细评估上述患者失眠情况，并及时诊治以提高患者的生活质量。
