失眠与胃肠道疾病的渊源由来已久。自古中医就有“胃不和则卧不安”的说法，出自《黄帝内经·素问·逆调论篇》：“阳明者，胃脉也。胃者，六腑之海，其气亦下行。阳明逆，不得从其道，故不得卧也”。意思是说，有胃病或胃肠不适的人，容易失眠。而现代越来越多的研究也证实，失眠与胃肠道疾病之间具有一定的相关性。在失眠患者的各种伴随症状中，胃肠道功能异常占有较大比例；反之在罹患胃肠道疾病的人群中，失眠也很普遍，可见两者联系之紧密。
人体在睡眠期间，消化道功能出现一系列的变化：食管蠕动幅度下降，吞咽频率减少（从醒时的25次/h降低到睡眠时的5次/h），唾液分泌量降低（从醒时的0.5ml/min下降到睡眠时接近0ml/min），导致胃酸倒流，从而增加食管炎的风险。研究表明，胃电循环的振幅在非快速眼动（NREM）睡眠中下降，并在快速眼动（REM）睡眠中恢复，胃酸在晚上十点至凌晨两点分泌达到高峰；小肠运动在睡眠中也会减少；与排便有关的结肠高级蠕动收缩也显著减少，且在NREM睡眠期间几乎消失。然而REM睡眠与增加的结肠压力有关，为了在睡眠中保持大便的节制，肛门内括约肌保持主动的压力，不受外部括约肌活动的影响，肛管压力仍然高于直肠压力，从而抑制排便。
失眠与胃肠道疾病之间相互作用的机制，主要是通过脑-肠轴实现的。脑-肠轴是中枢神经系统和胃肠道（肠道和自主神经系统）之间的双向通信系统，包括中枢神经系统、自主神经系统、下丘脑-垂体-肾上腺轴、胃肠道免疫系统、肠道黏膜屏障和肠道微生态。机体通过脑-肠轴之间神经内分泌网络的双向环路进行胃肠功能的调节，称为脑-肠互动。罹患消化系统疾病的患者往往通过脑-肠轴的作用而出现焦虑、抑郁等情绪变化，并多伴有不同程度的失眠症状；同时消化系统在睡眠过程中也会发生明显的生理改变，两者相互影响，造成各种睡眠紊乱。
