首先，其实根管的结构非常复杂，根管内可能有侧枝根管的存在（就像一个大树干有许多分支，这些分支就是所谓的侧枝根管）或是根管钙化、弯曲，两个主根管之间可能有狭窄的连通区，或是特殊的C型根管系统，又受限于当时的医疗技术以及仪器设备，常会导致根管治疗无法完全清除乾淨或做到完整的充填，所以即使根管治疗的疗程结束还是可能会产生疼痛、不舒服的症状，这时候就需要转诊再重新根管治疗。

        再者，某些根管因为治疗上比较困难，需要多次约诊才有办法完成，但病人有时候会因为种种因素（例如搬家、换工作地点、太忙忘了、不痛了就不去看牙齿、害怕看牙齿、以为去一次就可以了…等）而未依照约诊时间前来完成治疗。

如果长时间放着不理，外面的暂时填充物会产生裂隙甚至松脱，口腔内的细菌就会经由这个缝隙进入牙齿，而相较没有被修形过的根管，细菌在已经被修形过的根管内会感染得更快。在这种情况下，疾病很有可能会随着时间越来越恶化，最终就会需要整个重新根管治疗了。

最后，就算是已经完成根管治疗，且后续没有症状的牙齿，也有可能在使用一段时间之后，因为牙冠部分的密封状态遭到破坏（例如填补物或假牙破裂脱落、发生二次蛀牙、牙冠或牙根断裂…等）让细菌再次感染已经治疗完成的根管系统，而需要重新根管治疗。