内异症有恶变的风险[36]，主要的恶变部位在卵巢，卵巢囊肿恶变率文献报道为0.5%~1.0%[37]，称为内异症相关的卵巢恶性肿瘤（EAOC）[37-38]；其他部位如阴道直肠隔、腹壁或会阴切口内异症恶变较少。目前的证据显示，内异症增加卵巢上皮性癌（卵巢癌）如卵巢子宫内膜样癌和透明细胞癌的风险。