内异症的非手术诊断已被证实高度可信，尽管腹腔镜检查是内异症的最后决定性诊断，经验性药物治疗已经不仅被用于治疗症状，同时有助于内异症的推定诊断。可选择的经验性药物治疗的一线药物包括NSAID、口服避孕药及高效孕激素（如醋酸甲羟孕酮等）；二线药物包括GnRH-a、左炔诺孕酮宫内缓释系统（LNG-IUS）。一线药物治疗无效改二线药物，如依然无效，可以考虑手术治疗。痛经也可考虑中医中药治疗。