对于双侧卵巢囊肿，手术可能影响卵巢储备功能，且有囊肿复发的风险，建议由有经验的医师进行诊治。需充分告知患者手术的利弊，术后需要辅助药物治疗，以减少复发，保护生育功能，并根据青少年的特点进行心理治疗和健康教育。对合并有梗阻性生殖器官畸形的患者，应及时解除梗阻。