1.尿的处理：胱氨酸结石发生在酸性尿中。胱氨酸尿的处理，包括增加每日排尿量3-4升（或收集24小时尿，每300mg胱氨酸的排尿量大于1升），还可碱化尿液使其pH在7.5以上。

2.药物治疗：碱化尿液力求使胱氨酸结石溶解。（1）碳酸氢钠650mg，口服，6-8小时一次，需用3周以上甚至数月；（2）枸橼酸鉀碱化尿液至pH超过7.5；（3）增加水的摄入量至大于4升/天；（4）顽固病例应用青霉胺D，250mg，6小时一次；（5）或服用a-硫醇丙酰甘氨酸（MPG），250mg/次，6小时一次。

3.体外冲击波碎石：结石小于2厘米。

4.外科手术治疗：腔镜微创手术或传统开放手术。