不孕不育症的病因大致分为女方因素、男方因素及不明原因。

多项研究表明，女方因素占40%-50%，男方因素占25%-40%，男女双方因素占20%-30%，不明原因约占10%。

常见的女性不孕因素包括输卵管因素、排卵障碍、子宫内膜异位症、子宫因素、子宫颈因素、外阴阴道因素；

常见的男性不育因素包括精液异常、性功能异常。

不明原因不孕不育症是指男女双方均未查出目前已知的不孕不育相关原因，通常需要至少排除女性输卵管因素及排卵障碍、男性因素。不明原因不孕不育症还需要考虑精卵结合障碍，故在“试管婴儿”助孕中，针对这类人群可能会备选第二代试管婴儿技术以帮助受精。