人乳头瘤病毒疫苗，也称HPV疫苗，目前用于预防目的。预防性疫苗接种的目的是通过诱导对HPV的有效体液免疫应答来预防潜在的感染和再感染。这是通过刺激疫苗中存在的针对HPV L1衣壳蛋白抗体的产生来实现的。接种HPV疫苗比感染HPV产生更强的免疫应答，主要是因为HPV感染仅限于上皮细胞不引起病毒血症，而疫苗引发全身免疫应答。预防性疫苗没有治疗价值。通过细胞免疫起作用的治疗性疫苗仍处于临床开发阶段。
目前可用的HPV疫苗包括二价疫苗（目标类型16和18）、四价疫苗（目标类型6,11,16和18）。最近的9价疫苗则将目标类型扩展到6,11,16,18,31,33,45,52和58。
男性在将病毒传播给女性伴侣方面发挥着重要作用。男性免疫有助于预防HPV传播，从而降低女性HPV相关疾病以及两性尖锐湿疣的发病率。有研究显示，未接种疫苗的女性与接种了二价疫苗的女性患尖锐湿疣的风险相同，而四价疫苗降低了尖锐湿疣的发病率（图1）。
图1 四价疫苗接种年龄与HPV感染率的相关性
共有87个国家实施了国家疫苗计划，其中68个国家只对女性进行疫苗接种，19个国家可同时对男性和女性接种疫苗。疾病控制与预防中心（CDC）建议男性和女性均在9-26岁之间接种疫苗，并在11-12岁时进行常规疫苗接种。建议的疫苗接种计划是9-14岁个体间隔6-12个月给予两针，15岁及以上的个体在0、1-2和6个月给予三针。早期接种疫苗的基本原理是在第一次性接触之前提供保护，从而从疫苗的预防效果中获得最大益处。
