阴道微生态是由阴道微生物群、宿主的内分泌系统、阴道解剖结构、及阴道局部免疫系统共同组成的生态系统。
正常阴道内并不是无菌环境，有多种阴道微生物存在，种类达20多种，但这些微生物与宿主之间相互依赖、相互制约、达到动态的生态平衡、并不引起疾病。在维持阴道微生态平衡因素中，雌激素、局部PH值、乳杆菌以及阴道黏膜免疫系统起着重要作用。
雌激素可使阴道鳞状上皮增厚、增加糖原含量、糖原在乳杆菌作用下转化为乳酸，维持阴道正常酸性环境（PH3.8–4.5），雌激素还可以维持阴道黏膜免疫功能。阴道的酸性环境可抑制其他病原菌生长，而利于阴道乳杆菌生长。乳杆菌具有维持阴道酸性环境，抑制或杀灭病原微生物、阻止致病微生物粘附在阴道黏膜上皮细胞，维持阴道微生态平衡。
阴道黏膜免疫系统除具有黏膜屏障外，免疫细胞及其分泌的细胞因子还可发挥免疫调节作用，阴道分泌液中粘液含有多种免疫调节分子，在防疫阴道感染中起主要作用。
所以在雌激素低下的人群如婴幼儿、绝经后的老年女性容易发生阴道炎。性生活活跃频繁的女性以及喜欢经常冲洗阴道的女性，由于改变了阴道的PH值，不利于乳杆菌生长，此时厌氧菌过度生长易导致细菌性阴道病。阴道操作或者手术操作同样会改变阴道PH值，使阴道菌群紊乱。长期使用广谱抗生素，会抑制乳杆菌生长，往往出现假丝酵母菌繁殖，引起外阴和阴道假丝酵母菌病。
