本病不能自愈，多需要手术治疗，如不及时治疗，会影响正常排便，甚至发生癌变。治疗后多数肛瘘都能治愈，但有一定复发率。
肛瘘治疗后，患者的恢复情况与病情和个人体质有关，通常术后一两个月能够基本痊愈。
高位复杂性肛瘘、术中内口不明确、支管较多者，术后有复发可能。如手术时损伤肛门括约肌，可能会出现控便异常。
危害性
1.影响正常排便
复杂性肛瘘长期不愈，可能引起肛门、直肠周围的组织纤维化，影响肛门括约肌舒张和收缩，造成肛门狭窄，出现排便困难、排便不尽感。
2.影响正常生活
肛门周围皮肤瘙痒或疼痛、肛门周围有分泌物流出、排便疼痛等，会给日常生活带来极大的不便。
3.影响周围脏器
肛瘘反复发作，可能会蔓延到周围器官，出现直肠阴道瘘（女性）、直肠尿道瘘、直肠膀胱瘘等疾病。
4.可能癌变
肛瘘久治不愈或反复发作，会导致炎症长期刺激局部皮肤，有发生癌变的可能。
