遗传因素是儿童抽动症比较常见的发病因素，遗传的方式可能是体内常染色体显性遗传或者多基因遗传。通过家系调查发现10%~60%的抽动障碍患者存在阳性家族史，单卵双生的同病一致率为75%~90%，双卵双生的同病一致率为8%~23%。
如:多巴胺，去甲肾上腺素，5-羟色胺，乙酰胆碱等神经递质失调有关，目前，最受关注的是性奋行氨基酸和多巴胺系统间相互作用的异常。
母亲孕期的健康状况、精神状况、用药情况都会对孩子造成影响，其次难产、早产、剖腹产所致的小儿颅脑外伤或缺氧等情况也会造成抽动症的发生。
约有50%~60%患儿存在非特异性脑电图异常，少数患儿发现有脑萎缩、左侧基底节缩小及胼胝体减小,PET研究提示患儿存在双侧基底节、额叶皮质、颞叶的的代谢过度也会导致抽动症的发生。
孩子受到家庭不和、父母离异、长期学习负担过重，精神过度紧张、疲劳、过度兴奋，食用色素，添加剂等方面的影响，可诱发有遗传易感性的个体发生抽动。
过敏，呼吸道感染、扁桃体炎、鼻炎、咽炎、眼结膜炎、沙眼等局部刺激。水痘、各种脑炎、肝炎等感染后，特别是链球菌感染可能导致突然发作的严重抽动，因此抽动症也有与链球菌感染相关的儿童自身免疫性神经和精神障碍。
儿童长期服用中枢兴奋剂、抗精神病药物等，其副作用可导致抽动障碍。
