早发性卵巢功能不全需要与以下情况相鉴别：妊娠、生殖道发育异常、完全性雄激素不敏感综合征、Asherman综合征、多囊卵巢综合征（polycystic ovary syndrome，PCOS）、甲状腺疾病、空蝶鞍综合征、中枢神经系统肿瘤、功能性下丘脑性闭经、卵巢抵抗综合征（resistant ovary syndrome，ROS）等。卵巢抵抗综合征ROS，又称卵巢不敏感综合征（insensitive ovary syndrome），是指（年龄<40岁）的原发性或继发性闭经女性，内源性促性腺激素水平（主要是FSH）升高，卵巢内有卵泡存在，AMH接近同龄女性的平均水平，但对外源性促性腺激素呈低反应或无反应。