人体免疫系统是防卫机体的屏障，包括三道防线。第一道防线为：皮肤、粘膜及其分泌液、细胞膜、呼吸道、胃肠道、尿道及肾脏。第二道防线为：吞噬作用、抗菌蛋白和炎症反应。第三道防线主要由免疫器官（扁桃体、淋巴结、胸腺、骨髓、和脾脏等）和免疫细胞（淋巴细胞、吞噬细胞等）借助血液循环和淋巴循环而组成的。

医学上的“扁桃体”由腭扁桃体、咽扁桃体、咽鼓管扁桃体、舌扁桃体组成。而我们平时生活中所提到的扁桃体，医学上称之为“腭扁桃体”。腭扁桃体仅仅是人体众多免疫器官的一个。如果我们遭遇到需要切除扁桃体的疾病时，切除扁桃体会对人体免疫系统产生危害吗？

2015年国外曾发表一篇关于扁桃体手术后免疫功能的文章：认为扁桃体切除后对全身免疫功能没有影响。但是，4岁以下孩子的免疫功能会较大年龄段的儿童明显较弱。所以既不同意“手术无害论”，也不同意“保守姑息论”。需要根据患者的病情，自身情况，病史长短，有无并发症，药物治疗效果决定是否手术。