按照尿路结石形成的原因来分，分为原发性结石和继发性结石。原发性结石是指按照目前科学水平尚不能找到明确原因的结石。继发性结石是指尿路结石的形成具有较明确的病因，如继发于尿路梗阻、尿路感染、尿路异物、尿路畸形等。目前，大多数尿路结石为原发性结石。
按照尿路结石所在部位来分，分为上尿路结石和下尿路结石。上尿路结石包括肾结石和输尿管结石；下尿路结石包括膀胱结石和尿道结石。
按照尿路结石的成分来分，分为含钙结石(如草酸钙、磷酸钙、碳酸钙等）感染性结石(主要成分为磷酸镁铵和羟磷灰石)、尿酸结石(尿酸和尿酸铵）、胱氨酸结石及其他罕见成分的结石。
根据腹部平片能否看到结石，分为阳性结石和阴性结石。
