时至今日，越来越多的脑科学和神经生物学实证，人体肠道的微生物组，在一定程度上可以影响人类大脑。肠道菌群不仅在协调免疫、神经和代谢等多种生理功能方面发挥重大的作用，而且还可以通过微生物-肠-脑轴调节大脑行为。

大量证据显示，抑郁症人群与健康人群的肠道菌群具有明显差异，表现为菌群多样性减少，不同细菌的丰度也出现明显改变。

在门水平，抑郁症患儿肠道内拟杆菌、协球菌、厚壁菌及变形杆菌门的丰度较低，而硬毛菌及放线菌门丰度较高。在属水平，抑郁症患儿体内的双歧杆菌、乳杆菌、劳特氏菌、费氏杆菌、毛螺菌属的丰度相对较低，而鲁米诺球菌及霍尔德曼氏菌属的丰度相对较高。更有意思的是，把抑郁症患者的粪便移植到无菌小鼠肠道，小鼠会出现懒动、求生欲望下降等抑郁样行为。以上研究均提示抑郁症与肠道菌群相互影响。