目前肛瘘治法较多，但总体分为保守疗法和手术疗法两种，保守疗法即采用中西药内服或外用；手术疗法又分为挂线疗法、切开法、切开挂线法等。保守疗法只能缓解症状，不能达到根治目的，多适用于年老体衰或由于种种原因暂时不宜手术的患者；手术疗法可以达到彻底根除瘘管的目的。在保守治疗上由于中医学早就认识了该病，所以中医学有一套行之有效的中药辩证治疗方法，特别是用中药坐浴更能起到缓解症状减轻痛苦的效果，因而被临床医生推崇。
可能有些生活常识的百姓听说过“挂线”方法，挂线术早在明代就已采用，是我国中医学的发明专利，目前该方法已经传播海外，行之有效。实际上挂线的目的在于缓慢切割肛门括约肌，其机理主要是利用皮筋的机械作用，以其紧缚的压力或收缩力，缓慢切开瘘管，同时在缓慢切开的同时断端和周围组织产生粘连，从而防止肛门失禁的风险。其主要弊病是术后痛苦大，回复时间长，且容易复发。手术疗法是一种最彻底的方法，它的目的主要是自肛瘘外口至内口一次划开瘘管，使瘘管引流通畅，形成彻底开放的创面，然后利用肉芽自创面底部生长的机会达到治愈。手术成功的关键在于找准内口并将所有瘘管敞开引流通畅，否则会有复发可能。此外，肛瘘一经确诊，手术宜早作，防止病情加重或癌变。
社会上还有一些所谓的什么专家、医务人员打着高科技的幌子诱惑病人追求精进效益，比如补片治疗法、涂药治疗法、激光疗法等等，建议患者要慎重行事，多问问，多看看，否则导致终身遗憾。所以，选择一家专业品牌医院或品牌科室能让您更加放心，同时还能减少费用和痛苦，对广告宣传的更应慎重选择。人常道：不信广告盲目就医，信了广告就会全盲就医了。