根据临床表现和体征，肛瘘的诊断本身并不难。但为治疗需要，必须明确肛瘘的走向和内口，这常成为难点，尤其对于复杂性肛瘘而言，有时候为了提高治疗的成功率，需要更多检查。为此，需要掌握正确的检查方法。

    检查方法
    1、肛门视诊：通过观察外口的数量、位置及距肛缘的距离可以 初步判断肛瘘的走向和复杂性。
    2、肛门指诊：对肛瘘的诊断十分重要，有经验的医生一般靠指 诊即可直接掌握肛瘘的大体情况，如瘘管的行径、位置，有无支管及有多少支管，内口的位置、数目，肛管直肠环的情况，管道与括约肌的关 系等，而且其准确性是相当高的。据国外报道，指诊诊断肛周脓肿和肛瘘的准确性要高于肛门B超检查。
    3、探针检查：将探针从瘘外口伸入瘘管,食指伸入肛管，多数探针可在齿状线处的内口穿出。对瘘道弯曲者，探针多不能顺利穿过，切忌用力过猛，使探针穿破瘘管壁，造成新的感染。由于探针检查具有一定的痛苦，笔者建议在麻醉条件下使用，故一般不作诊断用，只用于治疗。
    4、磁共振成像检查：磁共振成像对高位复杂性肛瘘、马蹄形肛瘘及临床难以确诊的疑难病例有较好的诊断价值，可以帮助医生判断肛瘘的走向及内口。

    5、直肠腔内超声检查：可明确瘘管走行及肛瘘内口位置，诊断的准确率与操作者水平有一定关系。
    6、亚甲蓝标记：将一块适中的纱布放置于肛门内，而后将亚甲蓝 溶液由外口注入瘘管，然后轻轻将纱布拉出，观察内口的位置。然后，用窥器扩开肛门，在齿状线着色最显著处，可发现内口，同时在手术中 根据肛瘘的染色位置进行切除，可以提高手术的成功率。
    7、X线造影：自外口注入30%〜40%碘油，照相可见瘘管分布，多用于高位肛瘘及马蹄形肛瘘，目前已很少使用。
    8、其他：如肛管压力测定、肛门肌电图等检查方法，较少使用，有条件者也可采用。

    有经验的专科医生通过询问病史、症状，肛门局部视诊、触诊、指检，就能初步作出诊断。如遇到病史日久、病情复杂的高位复杂性肛瘘，则需要做一些辅助检查，以确定病变的范围、瘘管的走向、与周围组织的关系及肛门功能是否受损等。有时为了明确肛瘘的性质，必要时可以进行病理检查。